Pentingnya pengawasan mutu telah diisyaratkan oleh Pemerintah sejak tahun 1990 seperti yang tertera dalam PP No. 30 thn 1990 tentang Pendidikan Tinggi pasal 121. Pusat Penjaminan Mutu (PPM) merupakan lembaga internal STAIN Parepare yang berfungsi membangun sistem penjaminan mutu akademik di lingkup STAIN Parepare pada setiap aras , mulai dari aras program studi, departemen, jurusan hingga direktorat/unit kerja di lingkungan dan organisasi STAIN Parepare. P2M berawal dari berdirinya Badan Audit Akademik (BAA) yang merupakan salah satu kelengkapan khusus tingkat Perguruan Tinggi. Berdasarkan dan mengacu pada SK Pendiriannya , tugas pokok dari P2M adalah sebagai berikut :

  1. Perencanaan dan pelaksanaan Sistem Jaminan Mutu secara keseluruhan di STAIN Parepare
  2. Pembuatan perangkat yang diperlukan dalam rangka pelaksanaan Sistem Jaminan Mutu
  3. Pemantauan pelaksanaan Sistem Jaminan Mutu
  4. Auditing dan evaluasi pelaksanaan jaminan mutu
  5. Pelaporan secara berkala pelaksanaan Sistem Jaminan Mutu  STAIN Parepare kepada Ketua.